2004年2月23日，对阵老鹰队获得职业生涯单场得分最高41分和最高助攻7次。
2004-05年，姚明迎来了他在nba的第三个赛季。
2004年夏天，在与奥兰多魔术队的一次七人大交易中，火箭队签入特雷西·麦格雷迪，同时送出史蒂夫·弗朗西斯和卡蒂诺·莫布里。
尽管姚明表示弗兰西斯和莫布里“在（他）前两个赛季对（他）帮助很大”，但他补充到，“我很兴奋能同特雷西麦格雷迪并肩作战。他能带来惊喜。”
火箭队赢得51场比赛，西部排名第五，并连续第二年冲进季后赛。
季后赛遭遇达拉斯小牛队，火箭队客场先胜两场，姚明第二场14投13中，创下火箭队史上季后赛最高投篮命中率。
然而接下来4场火箭队不敌小牛队，第七场更是落后40分，这是nba历史上季后赛第七场的最大分差。
姚明平均每场214分，投篮命中率65%，77个篮板球。
2005年3月11日，对阵太阳队得到职业生涯单场最高篮板22个。
在他的前两个赛季中，他没有缺席任何一场比赛；在第三赛季仅缺席2场。
但是在第四赛季中，姚明被列入伤病休息名单中，原因是他的左脚拇趾患严重的甲沟炎。
2005年12月18日，当队友们在洛杉矶与湖人队客场厮杀时，姚明返回休斯敦进行脚趾手术。
在错过了21场比赛之后，姚明重新回到了赛场，并在与孟菲斯灰熊队的比赛中得15分。
在2006年的全明星赛第二轮投票过后，姚明以1，319，868票高居榜首，科比·布莱恩特以1，213，387票位居第二。
2006年11月14日，对阵马刺获得职业生涯最高抢断次数4次；12月16日，对阵湖人获得职业生涯最高盖帽8个。
这个赛季姚明场均得到25分、94个篮板和2个封盖，得分首次超过麦迪。
但由于在与洛杉矶快船队的比赛中胫骨受伤，姚明这个赛季常规赛出场仅为48场。
在季后赛中，他场均贡献251分、103篮板，不过火箭队还是以3比4不敌犹他爵士队止步季后赛第一轮。
2008年2月26日，在率领休斯敦火箭队获得12连胜之后，被诊断舟骨裂缝，手术后需要休息4个月，07-08赛季剩余将无法出场，随后火箭队在麦迪带领下，继续赢下10连胜，创造nba历史最长连胜纪录的第二位。
姚明在该球季出赛55场，平均取得22分，10个篮板及2个封盖。
这个赛季姚明场均贡献197分、99篮板和19封盖。
另外，他的赛季总得分达到了职业生涯最高的1，514分。
他顺利带领火箭进入季后赛，并首轮淘汰波特兰开拓者队，火箭队在时隔多年后再次进入季后赛第二轮。
值得一提的是，姚明在首轮对阵开拓者队的第一场中，上半场24分钟内，9投9中，6罚6中得到24分和9个篮板。
不过在第二轮对战洛杉矶湖人队的比赛中，姚明因脚伤导致休战，甚至影响了2009-10赛季。
2009年1月18日，对阵