在伊丽莎白跟布克重归于好后，他们继续深入探索城市，一路上伊丽莎白利用自己能够操纵裂缝的能力给布克提供着各种帮助。
但随着旅途进行，伊丽莎白却发现这种能力会让现实中的布克与哥伦比亚天空城的其他居民，产生各种影响。
这让伊丽莎白深感不安，而其中在他们穿过其中一个裂缝后，他们却意外的来到了一个平行世界。
在这个平行世界里面，布克被称尊称为英雄，因为在这个平行世界里面，布克为‘人民之声’这个组织献出了生命。
而在这里人民之声也跟哥伦比亚天空城的创始者们进行了全面的战争。
但伴随着布克与伊丽莎白接触了这个世界的领导者菲茨罗伊，对方却认为布克的到来让这个世界原本的布克牺牲的效果大打折扣，甚至可能威胁削弱人民之声的斗志。
于是她朝着布克发动了攻击，想要杀死布克。
而在这过程中，伊丽莎白为了阻止菲茨罗伊伤害一名孩子，从背后偷袭了对方并杀死了他。
在这之后，游戏里面伊丽莎白因为沾染了血的缘故，给自己重新换了一身形象。
她将自己的头发剪短，妆容变得稍微白皙了一些，并且穿上了一件蓝色的裙子。
看着换了一身造型的伊丽莎白，游戏中的陈旭不由得眼前一亮。
相比于之前伊丽莎白的造型，这个新的造型，显然要更加成熟性感一些，尤其是那低胸衬衣。
更是让陈旭看了好几秒钟。
毕竟谁还不是一个老色批呢？
重新回到了飞艇上面，布克安慰着伊丽莎白。
现在他们拥有飞艇了，伊丽莎白朝着旁边的布克询问，现在究竟是带着她去哪。
一起去之前计划好的巴黎，又或者是布克执意将她给带回纽约呢？
但就在布克还没有回答的时候，奇异怪鸟的声音响了起来。
夜莺朝着他们发动了攻击，这迫使他们再次落回哥伦比亚。
终于布克和伊丽莎白意识到了，可能只有制服夜莺，他们才能顺利的离开哥伦比亚天空城，于是他们开始寻找控制夜莺的工具。
而随着寻找的深入，哥伦比亚建城史背后的阴谋和种种真相也逐渐被揭开。
赛芬机器让康斯托克夫人的鬼魂穿过裂缝死而复生，之前碰到好几次的情侣，其实也并不是情侣，也不是所谓的兄妹，卢特斯他们是同一个量子物理学家，只不过是在两个不同世界中的不同版本。
女卢特斯，是这个世界的原住民，而男卢特斯，则来自于另一个世界。
越来越多的谜团，让整个游戏仿佛陷入了一个深深的旋涡之中一样。
这时候陈旭也明显感觉到游戏的不同了。
有太多的迷惑在他的脑海里面了。
例如从只言片语里面，第一夫人也就是康斯托克的妻子，似乎是被康斯托克亲手杀死的。
随后被康斯托克污蔑给了人民之声。
同时还有卢特斯兄妹究竟是什么个来历，总是说些神神叨叨。
这些都成了陈旭心中的一些疑惑。
带着这些疑惑，陈旭继续推进着剧情，当他们准备前往康斯托克公馆时，布克与伊丽莎白再次遭遇到了夜莺的袭击。
为了保护布克，伊丽莎白自愿被夜莺抓进了公